为了让汤玛士和伯格因把弹道学和机械、化学知识传授给中国人，宋友亮决定第一，自己接受洗礼，加入天主教；第二，允许他们在海阳卫建造教堂并传教。第三允许汤玛士和伯格因要在海阳卫开办教会学校，但是教学内容除了神学外，还必须包括弹道学、机械学和化学等自然科学知识。第四，请耶稣会派出更多知识渊博的神父来充实这所学校。
这让汤玛士和伯格因很高兴，以前的来华传教士最多也就是开设教堂，公开传教而已，现在这个年轻的地方指挥官愿意皈依上帝，还允许开办教会学校，为进一步扩大传教培养人才
“上帝保佑！”汤玛士在胸口划着十字。
不过这一决定遭到了吕文洲的反对，他认为堂堂大明子民，怎可以夷人为师？宋友亮便安排汤玛士和伯格因单独交谈了一晚上。汤玛士怎么谈的宋友亮是不知道，不过第二天一早，吕文洲做出了让步。
由宋友亮担任这个教会学校的校长，吕文洲和汤玛士为副校长，吕文洲负责教授传统的四书五经，汤玛士负责教授西洋自然科学、伯格因神父教授神学。
不久，在中西工匠的合作之下，海阳卫第一间教堂只用三天时间就造的颇具规模。汤玛士神父兴冲冲地来到工地，却愕然发现精美的雕花窗户上空空荡荡，一片玻璃都没有。
“虔诚的亚历克赛，为什么教堂的玫瑰花窗上没有彩色玻璃？那是天堂的窗户~”汤玛士问道。也称玫瑰花窗，为哥特式建筑的特色之一，指中世纪教堂正门上方的大圆形窗，内呈放射状，镶嵌着美丽的彩绘玻璃，因为玫瑰花形而得名。著名的玫瑰窗有法国巴黎圣母院的玫瑰窗等。玫瑰窗为教堂中彩色玻璃窗的一种，由于它的位置而成为装饰的重点，在阳光照耀时，把教堂内部渲染的五彩缤纷、眩神夺目。玫瑰窗忽明忽暗，斑驳陆离光影中，让人有一种恍若隔世的感觉。在哥特式教堂的西面典型构图中，一对塔夹着中厅的山墙，垂直的分为三部分。山墙檐头上的栏杆、大门洞上一长列安置着犹太和以色列诸王的雕像的龛，把三部分横向联系起来。中央，栏杆和龛之间，是圆形的玫瑰窗，象征圣母的纯洁（也有说法认为，玫瑰象征着弥赛亚，就是耶稣基督；圣经中玫瑰也代表古代的血液与女性崇拜）。3座门洞，都有周圈的基层线脚，线脚上刻着成串的圣像。
亚历克赛是宋友亮加入天主教后的教名，宋友亮耸了耸肩膀，答道：”亲爱的神父，那是因为我的工匠不会制作那种五彩缤纷的玻璃呀~！”
伯格因神父在胸口划着
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