朝廷于永乐七年（1409年）在水城设立了登州备倭都指挥使司（简称备倭都司），总督山东沿海诸路兵马，莱州卫、登州卫、宁海卫、威海卫、成山卫、靖海卫、大嵩卫、嶅山卫、灵山卫等各卫指挥使司均归其管理。嘉靖四十一年（1562年），专设登州巡察海防道，管理登莱两州海防军务。
万历二十一年，日本权臣丰臣秀吉发动“壬辰战争”，率军入侵朝鲜，明廷调集南北陆水官兵加强海防，在登州增设副总兵，与巡察海防道分掌水陆各营，归山东巡抚节制。万历二十四年（1596年），撤销都指挥使，改设总兵，号总镇。登州备倭都指挥司署改为登州总镇府。
天启二年（1622年），设登莱总兵，归登莱巡抚节制，统辖山东沿海水陆12营，总兵署设在登州府城内。
崇祯二年（1629年），裁登州总镇
崇祯七年（1634年）复设登州总镇。
崇祯十一年（1638年），撤销登莱总兵，登州总镇并于临清，登州改设城守营。
要设一镇，也不是一道旨意就成的，比如首先要额定兵员。虽说登州镇不用朝廷拨发军饷，但是皇帝也不可能让你宋友亮无节制地招兵买马
永乐至宣德年间，为了增强海防军队的机动能力，必要时全力增援警急地段，便先后在登州、文登、即墨设立了相对独立的海防机动部队，这就是号称海防三营的登州营、文州营和即墨营。三营官员的级别高于卫级长官，军营驻地又设在所控各卫的中心地带，指挥协调及出击增援，均为便利。登州营设把总、游击各一员，负责训练军队。除防守任务外，每年春秋两季还要与别处驻军轮流调往京师参加校阅。军队配以金符，如果朝廷有诏令调动，必须经省和府共同复奏，并合验金符后方可调遣。
明弘治十二年（1499年），登州营归登州都司与莱州巡察兵备道共同节制。
嘉靖三十四年（1555年），改莱州兵备道为登州兵备道。
嘉靖四十一年（1562年），登州营归登州都司与登州巡察海防道共同节制，并成为海防道中军，改称团操营。
明万历二十一年（1593年），团操营分为左右二营，后又编为水陆十二营。
天启年间，团操营归登莱总兵统辖。
明崇祯十一年（1638年），总兵镇移到临清后，登州改设城守营，并十二营为六营，每营设将官、中军、千总各一名，把总2名，共有官兵9197名。最后加上自己的五
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