了入滇的并不是什么焦家救兵，而是大西军，然而他们手头无兵，只有听任绅民投降。四月下旬，大西军经宜良顺利地进入昆明。“二十四日，孙、李诸军入城，秋毫无犯”
大西军进入昆明以后，经营云南面临许多复杂情况，需要加强核心领导。五月，孙可望、李定国、刘文秀、艾能奇“以事权不一，推孙可望为帅”。孙可望以“盟主”的身分不失时机地部署兵力平定云南各处叛（即依附沙定洲的势力）、顽（指效忠于明黔国公沐天波和杨畏知的势力）集团。
李定国带领一支精兵于五月十九日抵达沙定洲重点防御的临安府
刘文秀统兵由昆明北上，经富民收取武定州、和曲、禄劝等地，然后向西推进，占领鹤庆、丽江、剑川，平定了滇西北地区
孙可望在八月间亲自领兵经禄丰进攻杨畏知、沐天波据守的楚雄、大理等滇西地区。