以释放，但是士兵、军官、传教士必须由汉政府和荷兰的联合东印度公司谈判来决定他们的命运。明军的强硬立场和苛刻的条件使谈判不欢而散。
十五日，断绝了水源的赤嵌城宣布投降。这样，明军没费一枪一弹，就把这颗钉子给去掉了，而明军的后续部队也在源源不断的登陆。得知赤嵌投降的台湾城陷入一片恐慌之中，现在他们没有任何外援了，只剩下自己在孤军奋战了。
十六日，上午，在一片低沉的号角声中，二百多门大炮昂起了他们的头。郑芝龙派人给荷兰总督发出了最后的通牒，如果在巳时一刻荷兰人还不投降的话，明军将发动对台湾城的进攻。
弗雷德里克总督和部下就中国人的条件进行了反复的磋商，最后决定：血战到底，等待东印度群岛的荷兰海军支援。
巳时一刻，郑芝龙命令发动总攻。最先开口的当然是明军中的大炮了，两百多门大炮同时发出了怒吼，仿佛要发泄一下自己积郁心中已久的浓重怨气。密集的炮弹不断的倾泻在台湾城上，整个台湾城笼罩在烟火之中。而顾三麻子和甘辉率领的明军北海舰队也利用自己的舰炮自海上对台湾城发动了猛烈的炮击。整整轰炸了一刻钟的时间，考虑到有些大炮的炮膛过热，容易引起炸膛，于是郑芝龙命令暂停轰击，看看炮击的效果如何。轰击的效果应该说非常理想，整个台湾城看起来囫囵的地方不算太多，到处冒着浓烟，南面的城墙有几截也被明军猛烈的炮火给轰塌了。但是荷兰士兵依然在利用残存的工事顽抗，丝毫没有投降的意思。
这时，登州老八营之一的邓右扬建议采取挖壕沟的方式，迅速突击到城下，然后挖松台湾城的墙基，埋上几百斤炸药，轰塌城墙，然后一举攻克台湾城。
郑芝龙大喜，笑道：“不亏是在南京讲武堂读过新式兵法的。”于是郑芝龙立即命令暂停攻击，所有部队立即准备挖掘工具。城里被一阵猛烈轰炸给搞的晕头转向的荷兰人不明白中国人的意图是什么，在惴惴不安中度过了一个下午。夜幕降临，早就休息好了的明军在百姓的帮忙下，立即开始了挖掘坑道的作业。
台湾城外是一片原野，正好适合土工作业的要求，可以使明军在一夜之间突然出现在敌人的眼皮子底下。土工作业的顺序是由前而后，由点到线，先前后再左右，先建立射击阵地，再构筑交通壕，并有重点的加以掩盖，使明军大批人马在接敌运动中，都在地面之下，将可以避免许多的伤亡。
明军军中本来就备有职业的工夫，再加上当地百姓的帮忙。到
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