大学授予他巴纳德勋章；柏林的波茨坦桥上树起了他的塑像；1901年授予他首届诺贝尔物理学奖金。
伦琴品德高尚，对荣誉和金钱极为冷漠。
1901年12月10日去瑞典领取诺贝尔奖金时，他谢绝了在授奖典礼上做演讲和许多邀请，很快便回到了德国。
回到德国乒，把5万瑞典克朗的全部奖金送给了维尔茨堡大学，用于发展科学研究，自己分文未留。
一些商人对制造X光机也发生很大兴趣，认为是发财的好机会。
德国最有名的AEG电业公司派人拜访伦琴，请求伦琴把专利权让给该公司，并答应付给相当高的代价。
但是，伦琴自己既不申请专利，也不求经济报酬，毫无保留地把X射线技术公之于世。
几个月之后，X光机即陆续问世，为现代科学提供了一种新的研究手段，广泛用于光电效应研究、晶体结构分析、金属组织检验、光谱频段开拓、材料无损探伤及人体疾病的透视与治疗等方面。
1905年4月30日，为了纪念伦琴发现X射线十周年，一批科学家在柏林举行一次“伦琴大会”，邀请伦琴为大会的荣誉来宾。
但他不高兴用他的名字命名大会，因而没有出席。这个大会在5月2日通过了成立伦琴学会的决议。
X射线的正式名字是维尔茨堡大学提议的，叫“伦琴射线”，以表示对伦琴的尊敬和纪念。
自1900年之后，伦琴接受德国政府的敦请，离开维尔茨堡大学，去慕尼黑物理研究所担任所长和教授。
由于行政事务繁忙，从1900年到1921年，他只发表了7篇论文，主要是研究晶体的物理性质的。
伦琴的朋友写到他时说：“他的杰出性格是绝对的诚实和无私的廉洁；他无论从何种意义上说都或许是十九世纪伟大理想的体现；他投身于科学而从未怀疑科学的价值；他敞开思想准备接受任何新的观念和事实……”
伦琴的晚年是不幸的，一方面，第一次世界大战带给他贫困的阴影，另一方面，妻子安娜在长期患病后于1919年先他而死去。他在给朋友的一封信中写道：“庞大无边的孤独沉重地压倒了我……”
1920年，他辞去职务，在靠近慕尼黑的魏尔海姆度过晚年生活。在短期患病后，伦琴于1923年2月10日在德国慕尼黑去世。