经此一役，浙江全省表面上尽归元军控制。朝廷接到当地元军统帅的奏报，自是欣喜异常。方国珍又派人秘密进京，向朝廷大员行贿，不久圣旨到达浙江，授方国珍以海道漕运万户，不久又晋升方国珍为江浙行省参政。虽然这些官职都是些虚职，并无实权，但是方国珍却摆脱了元军的压力，将浙东所属的庆元、温州、台州等地牢牢控制在手中。
方国珍虽然读书甚少，却极有智计。他知道蒙元朝廷对自已并不放心，只不过义军四起，天下大乱，暂时利用自己所部为其卖命而已。一旦元军扑灭了各地的义军，转手便要消灭自己。是以方国珍一面与蒙元朝廷虚于委蛇，另一面却招兵买马，尤其是建立了一支实力强大的水军。暗地里还与张士诚、朱元璋等人互通款曲，扩充实力，静观天下局势。
其后朱元璋势力日益增强，数次招揽方国珍。方国珍一面与朱元璋交好，另一面仍然接受蒙元的封赏。其目的便是坐山观虎斗，以图坐收渔翁之利。只是他未想到朱元璋帐下文臣武将实是天下精英，竟在数年之内，先灭陈友谅，再败张士诚，然后派大将徐达、常遇春北伐，将元军打得落花流水。
其时方国珍为与朱元璋抗衡，与元军统帅扩廓帖木儿交好。那扩廓帖木儿又名王保保，是蒙元最厉害的统兵大将。只不过这人虽然善能带兵，却性子倔强，与同僚和皇帝闹得不可开交。到得后来，几位蒙元的统兵大将竟然带兵围攻扩廓帖木儿。徐达和常遇春北伐，正是借着这一时机，才攻击大都得手。等到扩廓帖木儿击败其它元军时，徐、常二人已拿下大都，兵锋直指山西。
方国珍在浙江面临朱元璋的极大压力，便向扩廓帖木儿求援。其时扩廓帖木儿在山西全力应付徐、常的大军，哪有余力援助方国珍。当年九月，朱元璋派遣大将朱亮祖、汤和、廖永忠等出兵攻击方国珍。方国珍知道凭自己的兵力，此时已非朱元璋军队的对手，便于十一月归顺朱元璋。朱元璋倒也守信，并未与方国珍为难。洪武二年授方国珍领广西行省左丞的虚衔，但是全家都留居南京，手下水军收编充作船户，隶各卫为军。事实上已解除了方国珍的兵权，更是将其赖以成名的水军部队解散。方国珍在南京倒也算自在，躲过了洪武初年的几件大案，于洪武七年病死。
方国珍在蒙元末年乱世之中，在元军、朱元璋两大势力之间周旋，与双方私下里互通款曲，以图坐收渔翁之利。其实双方的主帅和谋士都已看出方国珍的目的，是以对他都有防备。待到蒙元与朱元璋决战之时，方国珍摇摆不定，忽降蒙元
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