在幻魔科学家吉尔丹斯坦的研究之下，明智左马介被传送门送到了现代世界，和他一起来的，还有各种幻魔士兵。
而此时，在横滨，一个前来度假的海军士兵‘林’也因为保护妇孺，被幻魔传送门吸入，来到了战国时代。
故事就此从两个角色展开，在现代的明智左马介，与回到古代的海军士兵分别做着自己的事情。
身处京都的明智左马介接连穿梭了博物馆，动物园等场景，还见到了高耸的京都塔。
对于车辆这样的载具，明智左马介也会感觉到震惊，现代科技实在不是他一个战国武士能够理解的。
此刻的京都，本能寺所显化的魔王城取代了原本的建筑，屹立于城市当中，明智左马介与林二人，同时进入了魔王城中。
林是为了打倒织田信长而前进，而明智左马介则是发现，魔王城位于现代的博物馆当中，而博物馆收藏着宝物毗沙门剑，这是传说中唯一能够击退幻魔王的至宝。
而靠着一台遗落在地上的手机，明智左马介也与林达成了联络，在幻魔力量的影响下，过去能够对现代产生一定程度上的影响，比如过去坍塌的遗迹，在现代会成为桥梁，在过去被斩杀的士兵，在现代便不会出现。
二人就靠着这样的互相配合，逐渐登顶，并找到了‘毗沙门剑’这样斩杀幻魔的至宝。
然而，就在林拿到毗沙门剑的时候，却被森兰丸突袭，受了重伤，毗沙门剑也因此被毁，他将幻魔传送门重新开启之后，便昏死过去。
“完了……全完了！”
松永秀石暗叹了一声。
在剧情当中，经由僧人之口所说，毗沙门剑是唯一能够真正杀死幻魔王的宝物，现在却被摧毁，或许再也没有人能够解决这个问题了。
另一边的明智左马介，也果然在现代见到了毗沙门剑。
魔王城内，博物馆旧址，玻璃罩内罩着断成两截的毗沙门剑。
不过，很快故事中便出现了令人会心一笑的场面。
利用现代五金科技，明智左马介又修复了毗沙门剑。
——三菱重工对此事表示负责。
他最终携带着修复的毗沙门剑，通过传送门，重新回到了战国时代，并在这里斩杀了守门的森兰丸。
然而，魔王城已经腾空而起，化作飞空艇，巨大的船舶，航行在天空之上。
松永秀石惊了，连手里的爆米花都几乎拿不住。
他是听说这电
…。。