“百工创新署”并入格物院“制器部”，作为其应用转化机构；海外探索所得知识，归“博物部”整理；“新式农具推广”等具体项目，可由格物院提供技术支持与标准制定。
奏疏写毕，李瑾又附上了一份详细的“格物院筹建草案”，包括院址选址（建议利用城南一片官地，靠近工坊便于实践）、建筑规制、初期人员编制、经费预算（主要来自将作监结余、皇帝内帑特批及未来可能的技术转让收入）、以及首期重点研究项目（如继续改进高炉炼钢、探索焦炭大规模生产、研究海船抗风浪结构、绘制更精确的全国及海外分图等）。
奏疏通过于志宁，直呈御前。李治览罢，沉思良久。他敏锐地意识到，这“格物院”之议，是李瑾将其“实学”理念制度化、常态化的关键一步。若成，则“实学”将从个人的、零散的倡导，变为国家支持的、系统性的学术与工程体系，对未来王朝的发展走向影响深远。其中关于吸纳匠人、蕃客为“技博士”，以及变相为“专科取士”开路的设想，虽显大胆，却与他一贯的“务实”、“求才”思路暗合。且李瑾巧妙地将机构设立与《大学》“格物致知”的圣人之道挂钩，使其在理论上难以驳斥。
然而，阻力必然巨大。这无疑将触动国子监、弘文馆等传统教育机构的利益，更会引发清流对“工匠技艺登堂入室”、“淆乱学统”的激烈反对。那些“试点”尚可说是“实务所需”，而这“格物院”的设立，则近乎宣告一种新的学问体系和人才选拔标准将与旧体系并存，甚至挑战。
李治将奏疏压下数日，先私下征询了长孙无忌、褚遂良、于志宁等重臣的意见。长孙无忌依旧持重，认为“立意虽佳，然兹事体大，牵涉学政根本，当缓议。可先允其以‘督行实务使’名义，扩大‘百工创新’规模，增募些通晓技艺之人办事，观其效，再议建院不迟。” 褚遂良则明确反对，认为“学校之设，所以明人伦，非为雕虫之技。若使工匠杂流与士子同列，成何体统？且恐启侥幸之门，坏士习。” 于志宁、阎立本则力主支持，强调“实学乃强国之基，格物院非为取代经学，乃补其不足。且不费国帑，以技养技，何乐不为？”
皇帝权衡再三，决定折中。他没有立即批准建立独立的“格物院”，但采纳了李瑾奏疏中的部分核心构想，并赋予其更高级别的官方色彩。
腊月廿三，小年。皇帝颁布敕书：“朕惟治道在实，学贵致用。今有督行实务使李瑾所请，于京师筹建‘格物院’，专究物理，以资实政，深契朕心。着即于将作监内
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