中“博士”、“直院”等高级研究人员近百人，“生员”首批招收了两百人。院内初步划分了“军器所”、“舟车所”、“矿冶所”、“天文算学所”、“农水利所”、“医道所”、“博物所”、“海疆所”等八大研究部门，每个部门下又细分若干课题组。
李瑾为格物院确立了明确的研究方向：军器改良（重点是火炮轻型化、精度提高、火药配方优化、火枪雏形探索）、船舶设计与航海技术（研制更大更快的远洋帆船、改进帆索系统、研制更精确的航海罗盘和计时器、绘制全球海图）、矿冶与材料（改进金银铜铁冶炼技术、探索新合金、开发倭国及其他地区的矿藏）、农业与水利（培育高产作物、改进农具、兴修水利模型）、基础科学（数学、天文、物理、化学的初步系统化研究，包括李瑾“提点”的几何光学、力学原理、元素猜想等）、医药卫生（整理验方、研究解剖、防治航海疾病如坏血病）、地理与博物（搜集整理天下物产、地理、民俗资料，为扩张和贸易服务）。
格物院的大门上，悬挂着李瑾亲笔题写的匾额：“格物致知，经世致用”。这八个字，成了这座新兴学术殿堂的最高宗旨。院内，不再是埋头故纸堆的寻章摘句，而是充满了计算、争论、实验、制作的火热场景。算盘的噼啪声、绘图时的沙沙声、锻打铁器的叮当声、争论问题的激昂话语声，交织成一首不同于太学、国子监琅琅书声的、却充满蓬勃生机的“新学”交响曲。
朝中的非议并未停止，但看着格物院那日益庞大的规模、皇帝天后坚定不移的支持、以及李瑾那不容置疑的权威，反对的声音暂时被压了下去。许多人都在观望，这个耗费了巨额倭国金银、聚集了众多“奇人异士”的格物院，究竟能结出怎样的果实。
李瑾站在刚刚落成的观星台顶层，俯瞰着脚下初具规模的格物院建筑群，又望向远方天际。他知道，种子已经播下，土壤已经施肥。接下来，就是耐心等待，并小心呵护这些可能改变整个文明进程的幼苗。科学的种子，已然在盛唐的土壤中，破土而出。而它的未来，或将比征服十个倭国，更加深远地影响这个世界的走向。