害的问题，或从“仁政”、“民本”的角度出发，对新法条款的细节提出建议。例如，在讨论“刑讯”条款时，李瑾力主严格限制刑具规格和使用条件，必须有多名官员在场监督，并且“拷囚不得过三度，总数不得过二百”，且“拷满不承，取保放之”，以防屈打成招。这些建议，不少都与狄仁杰的想法不谋而合。
然而，修法之路绝非坦途。文学馆内的争论，常常激烈异常。
关于如何处理“十恶”大罪（谋反、谋大逆、谋叛、恶逆、不道、大不敬、不孝、不睦、不义、内乱）的条款，争论尤为激烈。旧律对此处罚极重，且多株连。有学者认为，为彰显新政威严，对危害社稷、君父之罪，当从严从重，以儆效尤。但以徐文远为代表的一些老儒则从经典出发，认为“刑乱国用重典，刑平国用轻典”，如今新政推行，当示天下以宽仁，对“十恶”中的某些条款（如部分涉及家庭伦理的“不孝”、“不睦”），可适当减轻处罚，或缩小株连范围。双方引经据典，争执不下。
关于土地、赋税、商贾等涉及新政核心的经济律条，争论更是焦点。刘晏等年轻学者主张，新法应明确保护私有产权（包括庶民和新兴商贾的财产），简化交易程序，降低商业税赋，并设立专门处理商事纠纷的“市舶司”或类似机构，以促进货殖流通。但这遭到了部分出身士族、秉持“重农抑商”传统理念的学者的强烈反对，认为这是“本末倒置”、“与民争利”，会导致奢靡之风盛行，动摇国本。
最大的难点，还在于如何处理“酷吏”与“程序正义”的矛盾。狄仁杰和李瑾都深知，当前最遭人诟病、最破坏“法治”基础的，正是索元礼、来俊臣等人无法无天、罗织构陷的行径。新法必须对此做出严格限制，明确诉讼程序、证据规则、审级权限，严禁非法刑讯和法外施刑。但这就触及了最敏感的政治神经：那些酷吏，是女帝默许甚至纵容的，他们的许多行为，打着“肃清逆党”的旗号，甚至是“奉旨办案”。在草案中明确提出这些限制，会不会被视为对女帝权威的挑战？对之前“清洗”的否定？
在一次闭门讨论中，狄仁杰指着草拟的“诉讼”、“断狱”篇章，对李瑾和几位核心成员叹道：“此乃新律之关键，亦是最难落笔之处。写轻了，形同虚设，无补时弊；写重了，恐触逆鳞，事不可为。”
李瑾沉默良久，缓缓道：“狄公，法贵公允，亦贵可行。不写，则永无改变之机。可先立其原则，明其程序，至于具体尺度……或可暂留余地，待日后司法独立、监察有力之时
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