典藏的书籍很多，由于年代久远，很多知识都出现了偏差。
于是公元175年，在汉灵帝的授权下，蔡邕带着一帮东汉顶级大儒校正儒家书籍，他们校对了《周易》《尚书》《鲁诗》《仪礼》《春秋公羊传》和《论语》。
蔡邕将整理校定好的典籍，先用朱砂誊写在石碑之上，然后又吩咐工匠按图加工，每刻好一块就立在太学门口。
这46块石碑被后世称为“熹平石经”，也是中国最早的官刻儒家石经。熹平石经一出，轰动京师洛阳乃至全国，太学门前成为了学子们的网红打卡点，无数人乘车前来观摩，甚至造成了交通堵塞。
公元176年，洪灾等自然灾害频发，于是汉灵帝专门召开紧急会议，让群臣们提出治理国家的建议。
当时蔡邕的官职是议郎，也就是皇帝的顾问，他充分发挥自己的岗位职责，一口气上书，举报了好几个没节操的同事，说他们贿赂宦官、贪赃枉法。
奏章不幸被宦官曹节偷看到，蔡邕一下子就暴露了，被他举报的人都恨得牙根痒痒，准备对他进行打击报复。
后来宦官王甫瞅准机会诬陷蔡邕和他叔父蔡质。蔡邕全家人被放逐到朔方郡，王甫的女婿又派杀手追杀蔡邕。
不过那时蔡邕已经名扬海内，杀手不肯下手，蔡邕才逃过一劫。之后蔡邕遇到国家大事想返乡时，又被诬陷诽谤政府，于是他又整整离家逃亡了12年。
蔡邕的焦尾琴也是在这逃亡时制成的。
有一天，蔡邕听到有人烧桐木，他从声响判断出是块好木材，于是把烧了一半的木头抢救了出来，制成了一把琴。果然琴声动听，甚至胜过皇宫中的名琴。
由于琴尾还有之前烧过的痕迹，所以这琴被称为“焦尾琴”，被列为中国古代四大名琴之一。
到了汉灵帝去世，董卓掌握了大权，他一直对蔡邕的名声有所耳闻。于是又想征召他，蔡邕还是用老借口推说有病不能去。
被拒绝的董卓心态炸裂，威胁蔡邕要灭他三族，蔡邕不得已只好重返职场。董卓对蔡邕倒是非常重视，短时间内就迫不及待地对他进行了一连串升迁的大动作。
公元192年，董卓被王允和吕布联手扳倒。董卓被杀时，蔡邕正在司徒王允家做客。听说董卓被杀，蔡邕不由叹了口气，这却被王允逮住了把柄。
王允因此将他逮捕，并打算处死他。蔡邕请求留自己一命以完成《汉书》，太尉马日磾等都为其求情。
但王允称蔡邕
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