这一策略使得红旗帮在民间并未激起强烈的敌意，反而获得了一定的支持。
随着红旗帮势力的日益壮大，清政府感受到了巨大的威胁，开始对其进行清剿。1808年，东广右翼镇总兵林国良率领25艘战船前来围剿。石香姑沉着应对，派张保仔率船队出战。张保仔佯装败退，将林国良引入埋伏圈，清军水师瞬间被打乱，溃不成军，林国良被张保仔手下斩杀。
次月，石香姑与张保仔又在亚洋节大败清军参将频发，缴获6艘船，俘虏清军24人。1809年2月，广东提督孙全谋率领百余艘艇出海清剿红旗帮。
起初，清军凭借火箭和火药桶占据上风，但石香姑冷静指挥，命令张保仔率战船正面迎敌，同时派肖吉兰布率船队袭击清军后方，将清军船队分割包围。清军被打乱，孙全谋抵挡不住，弃船而逃，红旗帮大获全胜，缴获战船14艘。
除了与清军作战，石香姑领导的红旗帮还将矛头指向了侵犯我国海域权益的外商。1808年8月，红旗帮得知国英籍“蓬发号”商船满载货物返航，便设计夺取。他们先夺取两艘普通商船，引诱“蓬发号”靠近，随后攀上“蓬发号”，成功将其夺取。
1809年，红旗帮的活动愈发频繁，扣留了暹博朝贡使团的三艘大型帆船，将5艘美国船驱赶到澳门，还与葡牙萄总督的“安东尼奥·波特罗”号双桅帆船交战。
国中向西方人求援，门澳总督命令两艘军舰与红旗帮交战，却被红旗帮击败。之后，石香姑在与葡牙萄军舰的交战中杀死数十名葡牙萄人，缴获一艘葡牙萄船。
对于红旗帮的强大，清政府决心加大清剿力度。1809年4月，新任两广总督百龄到任，他采取了一系列措施：建造40艘泥艇，提升清军战力；实行封港，切断海盗补给线；推行保甲制和澳甲制，促进地方防卫。
6月，广东右翼镇总兵许廷贵率领25艘战船围剿红旗帮，却因遭遇大风雨放松警惕，被石香姑抓住战机。张保仔率领200艘战船突袭清军，清军死伤无数，许廷贵自杀身亡，红旗帮收缴战船25艘。
7月，越洋海盗联盟因补给困难陷入困境，石香姑等人率领海盗进入广东新会、东莞等地抢劫，百姓苦不堪言。
9月，清政府与西方势力联合起来围剿红旗帮。葡牙萄军舰与清军联合将张保仔围困在赤立角，而此时黑旗帮首领郭伯带因与张保仔有矛盾，见死不救。
张保仔突围后与郭伯带发生冲突，被郭伯带打败。接连的变故
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