1949年11月15日，傅斯年在台湾大学第四次校庆上演说，公开声明“不许把大学作为任何学术以外的目的的工具”，“办大学为的是学术，为的是青年，为的是中国和世界的文化，这中间不包括工具主义。”强调“台湾省既然回到祖国的怀抱，则台湾大学应该以寻求真理为目的，以人类尊严为人格，以扩充知识、利用天然、增厚民生为工作的目标。”
早在１９３２年，面对国民党在大学推行党化教育或所谓三民主义教育，他就尖锐地指出：“教育如无相当的独立，是办不好的。”
在傅斯年做校长的时间里，入学的台大学生可以不读三民主义，也不要升旗，在此之前和此之后，这是不可想象的，可谓是空前绝后。
也是他的台大校长任上，台大政治系教授萨孟武一直放言无忌，批评国民党的法统，播洒民主法治的种子，很多外系的学生都去他的课堂旁听，影响越出了校园外，连他的口头禅“因此他之故”也成了大家的口头禅。萨孟武的言论自然让国民党当局头疼不已，但因为有傅斯年在，他便可以在台大继续教下去。
当时的台湾风雨飘摇，一切都没有上轨道，社会上到处是不满的情绪。当时国民党残余政权尚未迁台，对学生的思想钳制并没有像后来那样严密。那时的校园里，一方面是学生的左倾倾向，岛上反内战、反饥饿、反迫害的学生运动经常发生。有一段时间，校园里跳起了秧歌舞，有学生还专门写下《为什么扭秧歌》的文章，还有人甚至撒发反政府的传单。另一方面还要抵挡来自当局的的政治压力和社会上的各种攻击。傅斯年恪守的一条底线就是大学的独立与尊严。
1949年4月6日，傅斯年接到国民党警备司令部的公文，指控14名学生“张贴标语、散发传单，煽惑人心，扰乱秩序，妨害治安”等，第二天，警备司令部的名单上又扩大到23人之多，警备司令部要将他们拘捕，并进校抓人。这一天台北宣布戒严，“有几处热闹区域，均断绝交通”，一时风声鹤唳，人心惶惶。
为了保护学生，傅斯年站了出出。在无力阻止警备司令部进校抓人情况下，4月7日，以台大行政会议上作出由校长本人向国民党当局接洽的决定。
傅斯年随即向以陈诚为省主.席的行政当局提出四点要求：一、凡载在名单内之被捕学生，迅即移送法院审讯；二、凡不在名单内而被捕之学生，即予释放；三、以后如不发生新事件，绝不再行拘捕学生；四、准许学校派人探视被捕学生。
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