军数万军队在两战中几乎全军覆没，仅有少量兵马固守普安州，保普安州不失。史料记载明朝战死的将领包括贵州右布政使闾钲、按察使刘福、都指挥李宗武、郭仁、史韬、李雄、吴达等人。朝廷在贵州一带的文臣武将，几乎被一网打尽，由此可以看出，朝廷的损失是非常惨重。
当初明朝为了统治这些地区，当然不能任有土司无法无天，这些地区毕竟也是明朝正式的行政区域，故而朝廷会在这些地区设置一些官职，由吏部派遣一些官员去上任，除了加强统治外，采取一切手段，逐渐夺取土司的权力，这些官员称为流官，这种制度也叫做改土归流，又规定了许多的措施来加强，以抑制土司的权力。
而现在朝廷在桂林大藤峡围剿山贼被转移视线，来一个雷声大雨点小收场，更加关注起云贵的米鲁叛乱。朝廷没有让章子俊去平叛，而是调用了两广巡抚陈金，升任云贵巡抚总督剿匪。章子俊当然不会自己去送人头说，我有大炮火枪，攻打个山寨平乱什么的小菜一碟，而是能躲多远就躲多远。
另一个因素就是在桂林西南的古田，时局很是不稳，有壮民起事的苗头，还有，贵州都匀苗民也有起事的苗头，这些章子俊都知道，不出一年这两地就会起义造反，所以说，章子俊不想搀和这种镇压的烂事，正在上奏折回朝交差，有些事如果自己去做了，可能会快速做好，也不用动用许多人力物力，还能免死许多无辜的生命，可是反过来看，这样做了会挡了其它人的官路、利路、财路、名声之路，不管过程如何惨烈，最终朝廷还是平乱了，这就是结果，既然结果朝廷赢得了最后的胜利，那么就没必要去冒头。章子俊目前最关心的是西北方的边关，大明朝的灭亡就是北方女真的强起，加上百年来西北鞑靼蒙古不断地侵犯扰边，朝廷不得不每年开支出巨大的粮饷兵员去守卫，所花费的人力物力造成国家的凋敝，富强不起来，最后丢了江山。
章子俊要求回京城述职，就是说任期已满，当初答应朝廷的事也以做到了，目前广西不缺盐、不缺粮，民生已经得到了改善，关于自己走后，将要发生古田壮民起事及都匀苗民起事等，就让继任者取背黑锅了，加上都匀苗民又不在广西，而是在贵州，想管也管不着。章子俊急着要跟朝廷交差的原因，还有一个重要因素，刘吉致仕，这位人称“刘棉花”的内阁首辅总算退下来了，大家都知道刘棉花跟章子俊、徐溥、赵文博、刘健、马文升、王恕这些朝中大佬有矛盾，而章子俊长期被压制跟这位内阁首辅有莫大的关系，目前得到的官位，论资排辈也该轮到了
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