以小字注于旁侧，以明后人。”
武媚娘点头，提笔在一旁的注疏草稿上写下：“此图据永昌四十五年扬州局最新改进式样绘制。国公批注：阀门联动比例之调整，系因近年铸铁强度与机加工精度提升所致。格物之理，需与百工之技相参，技进则理亦进，理明则技愈精。不可拘泥成法，当随时而变。”
这便是《格物新编》不同于以往任何“类书”、“汇编”之处。它不仅仅是记录已有的技术知识，更着重阐述这些技术背后的基本原理、发展脉络、制约因素和改进方向。李瑾力图在书中，构建一个初步的、以“观察-假设-验证-应用”为脉络的知识体系框架。他将全书分为“天学”（天文、历法、气象、地理）、“地学”（地质、矿物、水利、农艺）、“物性”（力学、热学、简单机械、材料）、“化育”（化学变化、冶金、酿造、医药原理）、“数理”（算术、几何、代数、测量）、“生道”（动植物分类、生理、选种培育）、“营造”（建筑、桥梁、水利工程、机械制造）、“综论”（治学方法、知识传承、格物精神与社会）等八大卷，每卷之下又分若干门类。
编纂过程中，最大的挑战并非资料的搜集整理，而是如何用这个时代的语言和思维，去准确表达那些超越时代的概念，同时又要避免过于惊世骇俗，导致书籍被束之高阁甚至焚毁。为此，李瑾不得不进行大量的“转译”和“折中”。他尽量避免使用另一个时空的现代术语，而是尽力从古典典籍中寻找相近或可引申的概念，或创造新的、更贴切的词汇。例如，他将“能量守恒”的思想，隐含在对水力、风力、热力“转化”与“度量”的讨论中；将“微生物致病说”，包装在“疫气”、“瘴疠细因”的观察和“煮沸消毒”、“隔离防疫”的有效性论述里；将初步的“元素”、“化合物”观念，融入炼丹术士的实践和金属冶炼的经验总结中。
他常常与僧一行等人争论至深夜。僧一行是顶尖的天文学家和数学家，对李瑾提出的许多“数理”和“天学”观点，能迅速理解甚至举一反三，但对于“物性”、“化育”中一些更“玄妙”的理论，则时常感到困惑，需要反复辩难。
“国公，您说这‘气’有热胀冷缩之性，可驱动机械，僧某尚可理解。然您谓万物皆由极小、不可再分之‘微粒’构成，不同‘微粒’组合，方有金木水火土之别……此说虽妙，然如何证明？与先贤‘五行生化’之说，孰为根本？” 僧一行捻着佛珠，眉头紧锁。
李瑾靠在高枕上，缓缓道：“一行啊，五行
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