之说，乃古人观物取象，以喻万物生克关系，有其道理。然‘微粒’之说，意在探究万物构成之‘实’。譬如这铜壶，五行家可见其金性，生水克木。然若问，何以铜为赤，锡为白，合之可为青铜？何以加热则软，可锻可铸？五行生化，难以尽释。若思及其由铜、锡等‘微粒’按特定方式聚合而成，加热后‘微粒’活动加剧，间距增大，故而变软……此说或可助人更深入思量物性变化之由。”
他顿了顿，喘口气，继续道：“我并非要推翻五行，而是提供另一条思辨之路。格物之要，在于不墨守成规，敢于假设，并设法验证。‘微粒’之说，眼下确无直接证据，然你可试想：若此说为真，则可推演许多现象，如不同金属为何硬度不同？为何有的可相融为合金，有的不能？然后设计实验，观察比较，看事实是否与推演相符。若相符渐多，则此说或可一用；若多不相符，则需修正或弃之。此即‘格物’精神，重实证，不盲从。”
僧一行沉思良久，叹道：“国公之意，僧某似有所悟。是了，当年我修订《大衍历》，亦需反复观测天象，以校历法疏密，合则留，不合则改。观天与格物，其理一也。只是……” 他苦笑，“只是这‘微粒’之说，太过玄虚，恐难为世人接受。”
“无妨，”李瑾笑了笑，笑容有些疲惫，但目光清澈，“先记下来。后人若觉有用，自会去探究；若觉无用，束之高阁便是。我们只开一扇窗，至于窗外风景如何，后人愿不愿看，能看多远，非你我所能强求。”
除了与助手们的讨论，李瑾在编纂时，也特别注意吸收、融合郑和环球航行带回的新知。在“地学”卷中，他增补了关于各大洲主要山脉、河流、气候带分布的描述（尽管还很粗略），并专门设立了“海洋”一章，论述潮汐、洋流、信风、台风成因，引用了大量航海日志中的观测记录。在“生道”卷中，他详细描绘了玉米、土豆、甘薯、烟草、可可、金鸡纳树等新作物的形态、习性、原产地和初步的栽培尝试，并高度评价了其中一些作物（如土豆、甘薯）可能具有的救荒价值。他甚至根据船员的描述，尝试勾勒了羊驼、美洲豹、巨嘴鸟等奇异动物的特征，并谨慎地讨论了“物种因地而异”的可能性，隐约触及了生物地理和进化的边缘。
这些新内容的加入，使得《格物新编》不仅是对既有知识的总结，更带有了前沿探索的色彩。它像一幅尚未完成的、但已显现出壮阔轮廓的认知地图，指引着后来者继续向前。
编纂的过程，也是李瑾对自己一生所知、所学、所行
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