台大官网在“台大校史•历任校长姓名与任期”专栏中评价傅斯年：“性格勇决果断，于动荡的年代，能极力稳定困难的校务，开创台大自由、自主与学术独立的校风，为台大树立不同的典范与奉献的精神。”
台大又在其《2014学年度台湾大学概况》进一步介绍，傅斯年所奠立的台大精神有三条，其中第二条是“坚定捍卫大学自主与学术自由的原则，校务以专业精神为准，绝不受大学以外任何势力干涉，杜绝关说与舞弊。”
蔡元培时代的北大，与台大可谓是一脉相承，而连结这两校精神纽带的核心人物便是傅斯年。
蔡元培时代的北大最引人注目的是大学自主与学术自由。特别是五四运动后，北京学界呈现出更加自由、活跃的局面，各种思想广为传播，各类团体争先涌现。蔡元培照样是“兼容并包”， 于是北大张开大海一样的胸怀。
胡适、陶行之等，簇拥着他们的美国老师杜威博士，四处讲学。
信奉俄国布尔什维克的李大钊从1920年起任教授，公开的讲授马克思主义政治经济学和唯物史观 。
新文化运动中成长起的一代文豪鲁迅，正式受聘于北大，在北大讲台宣讲他的独步文坛的中国小说史。
“只手打倒孔家店的老英雄”吴虞，也走出四川盆地来到最高学府，继续点评他的先秦诸子。
就连从官场上被迫退下来而转向学术研究并成果不斐的梁启超，也时常来北大校园登台演说。
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那时候的北大，真可谓是百花齐放，百家争鸣。一个这样的大学怎么能不充满活力，怎么会不出人才。民国的天才成群结队，和这样的北大不无关系。一个学校，乃至一个国家，一个社会，搞思想一统，注定会死气沉沉。
傅斯年是北大蔡元培时代的亲历者、见证者，也说得上是参加者和受益者。风云际会，他带头组织新潮社、创办《新潮》杂志，发表了大量鼓动新文化、新思潮的文章，同其师长陈独秀、胡适他们一同造成时势，开创了新时代。蔡元培先生“兼容并包，思想自由”的观念，以及“教授治校，学生自治”这一套制度已经植根于他的生命深处。
傅斯年主持台湾大学校务，就是以北京大学为蓝本，以学术自由为立校之本，以教育自主为活水之源，校长的任务就是坚守这个“本”、“源”。他说：“大学是个教授集团，不是一个衙门，照大学法，校长虽然权力甚大，然我为学校之前途计，决不能有极权主义的作风。”
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