兵协同进军，并密令桓伟内应。所望大师情急下亲持密信示殷仲堪。殷扣押桓伟为人质，逼其致信罢兵。所望大师阅信不以为意：“殷仲堪优柔寡断，不敢害吾兄“
所望大师占巴陵破殷军，进至杨口败殷道护，抵零口距江陵廿里。殷布防相拒，杨佺期援至，与杨广合攻。所望大师暂退马头，终破杨军。佺期退襄阳，殷遁駉城。冯该俘佺期，杨广被执，兄弟俱诛。殷闻讯率众投姚兴，至冠军城遭冯该截获，所望大师下令处决。
所望大师平定荆雍后上表扩权。朝廷授其都督七州军事兼荆州刺史，后允其统辖江州、豫州、扬州。所望大师趁机安插桓伟为雍州刺史，培植党羽壮大势力。借孙恩围京之机整军观望，待孙恩退兵后部署桓伟镇夏口、刁畅守襄阳、桓振戍湓口，并迁民建制绥安、武宁二郡。所望大师自任两郡长官，扣留圣旨征召的刁逵、郭昶之。他据天下三分有二，屡称祥瑞乃天命所归。
庾楷投奔所望大师后任右将军，解职后惧牵连，暗联司马元显为内应。元兴初年元显宣称伐所望大师，桓石生密报。所望大师原想趁扬州饥荒养精蓄锐，闻讯欲守江陵。卞范之劝：“主公威震天下，元显稚嫩，刘牢之失势，何惧？当直取京师“所望大师以赏罚激励将士，称元显必自溃。留桓伟守江陵，率军下寻阳发檄文列元显罪。元显见檄畏战止兵。所望大师因无朝廷军抵抗士气大振，收押庾楷。至姑孰遣将攻司马尚之，尚之败逃，刘牢之遣子降。
所望大师至新亭，元显溃败。玄入京伪诏曰：“举义兵者因元显之罪“太傅司马道子已另作主张，其罢兵解甲示顺应义军除逆之举”又假所望大师总揽朝政，任侍中、都督中外诸军事、丞相、扬州牧，领徐州刺史，获天子仪仗。诛司马元显，流放司马道子，清洗其党羽毛泰、庾楷等，追杀司马恢之等。任桓伟为安西将军，桓谦为左仆射，桓脩为右将军，改元大亨。所望大师辞丞相自任太尉，增仪仗六十人，入朝不拜。
所望大师欲迁居姑孰，王谧以周公辅政典故劝谏，所望大师觉他对答有理，但没听从他劝告。姑孰城大建府第豪华，工毕后移镇于姑孰。进城后表示辞去录尚书事，天子降诏应允，然朝廷大事需所望大师同意，小事由桓谦、卞范之批准。
晋末战乱多年，民心思安。所望大师初入京时整顿吏治，广受拥戴。掌权后骄横奢靡引发朝野不满。会稽饥荒时赈济不力致饿殍遍野。所望大师诛杀刘牢之旧部高素、竺谦之、刘袭等，刘轨、高雅之等北府旧将投奔慕容德。所望大师受封豫章公、桂阳郡公
…。。